Kos pelaksanaan MyKad Generasi Baharu dianggarkan sekitar RM120 juta setahun berdasarkan anggaran pengeluaran sebanyak tiga juta keping kad setahun, menurut Menteri Dalam Negeri Saifuddin Nasution Ismail.
Jumlah sebenar perbelanjaan bergantung kepada bilangan kad yang dikeluarkan pada sesuatu tahun, katanya dalam jawapan bertulis di Parlimen bagi menjawab pertanyaan Jalaluddin Alias (BN-Jelebu).
Bayaran Berdasarkan Pengeluaran
Saifuddin menjelaskan bahawa pelaksanaan MyKad Generasi Baharu dilakukan melalui kontrak pembekalan secara 'pay per issue', iaitu kerajaan hanya membayar bagi setiap kad yang berjaya dikeluarkan kepada pemohon.
Kerajaan membayar RM40 bagi setiap kad, manakala fi yang dikenakan kepada pemohon kekal pada kadar RM10 bagi tujuan pemprosesan permohonan tanpa sebarang kenaikan berikutan pengenalan MyKad Generasi Baharu.
Pengeluaran Secara Berperingkat
Pengeluaran MyKad Generasi Baharu akan dilaksanakan secara berperingkat, melibatkan permohonan kali pertama bagi warganegara yang mencapai umur 12 tahun, dan penggantian bagi pemegang Kad Pengenalan Plastik, Kad Pengenalan Bermutu Tinggi, serta MyKad Versi 1 yang tidak mempunyai ciri keselamatan 'ghost image'.
Kerajaan tidak bercadang untuk melaksanakan penggantian secara menyeluruh atau tergesa-gesa kerana MyKad yang sedang digunakan rakyat masih sah dan boleh terus digunakan, kata Saifuddin.



